您正在查看: 2015年9月

Ubuntu 12.04下R的安装

Overview 很久以前,安装R以及R的程序库时,遇到了一些问题,当时做了笔记,现在整理一下。 1.安装R 直接在ubuntu 12.04上安装的R版本是2.14.2,安装ggplot2总是失败。需要在软件源里添加第三方软件源 命令如下: sudo sh -c "echo deb http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/bin/linux/ubunt...阅读全文>>

《德米安:彷徨少年时》- 赫曼·黑塞

“ 辛克莱,当您忽然想到一些疯狂或邪恶的念头,想要把某人给杀了,或者想要犯下罪大恶极的罪行,这时您要想一想,那是阿布拉克萨斯在您内心制造的幻想!您想要杀害的绝不是一个真实的人,肯定只是一个伪装而已。假如我们怨恨一个人,我们恨的是在他形象中的某些东西,这些东西也是我们本身所拥有的。凡是我们本身没有的东西,并不能激动我们的心。”   今天是中秋节,跟我爸爸聊天时,他顺便转...阅读全文>>

DISOPRED的安装和使用

Overview DISOPRED是一个蛋白质内部非结构区域的预测软件,使用DISOPRED,我们可以很方便地得到一个蛋白质序列的非结构区域信息,能够为蛋白质特征分析提供更多的信息。 1.DISOPRED的下载 去http://bioinfadmin.cs.ucl.ac.uk/downloads/DISOPRED/这里就可以下载各个版本的DISOPRED,这里我们下载最新版本的DISOPR...阅读全文>>

latex公式插件的使用

Overview 在读论文或者写作的过程中,免不了有大量的公式推导,因此需要在博客里添加对LaTeX公式的支持。 我们找到了一个支持typecho博客的插件MathJax,下载地址和对这个插件的使用说明都可以参考原作者的博客:MathJax 插件。 1.插件的安装 和所有其他typecho博客的插件一样,将下载下来的MathJax解压缩后,上传到你的blog目录的usr/plugins中即...阅读全文>>

蛋白质序列处理—总体步骤

蛋白质序列处理程序之前得到的数据源太乱,这些天整理并重新摆放了一下,每一步的输入文件夹后缀都有一个-in,处理程序文件夹后缀为-run,输出文件夹后缀为-out,这样条理清晰了很多,今日记录,以方便日后查阅使用。 数据处理部分共分5步: 下载并分类(set class) 多步CD-hit 正负样本1:1平衡(Dataset balance) 特征计算(feature calculation...阅读全文>>

蛋白质序列特征向量计算—数据处理第(4)步

该步骤为数据处理的第(4)步,共包含6小步。 其中前三步: 1. AAC,Amino acid composition(AminoAcidC.py) 2. SEQ,Sequence(Seq.py) 3. eft3,amino acids combination properties(involving kmp algorithm)(Eft3.py) 这前三步用到feature_calc.s...阅读全文>>

BLAST的一些坑

Overview 因为在使用PSIPRED和SCRATCH都使用到了BLAST,安装和使用的过程中遇到了一些问题,这里主要记录下BLAST安装和使用过程中遇到的一些问题,并没有详细记录完整的BLAST安装和使用说明,毕竟还没有直接使用BLAST,等用到的时候再详细记录。 BLAST,全称Basic Local Alignment Search Tool,即“基于局部比对算法的搜索工具”,...阅读全文>>

SCRATCH的安装和使用

Overview 在对氨基酸序列进行机器学习建模时,需要对氨基酸序列做特征提取,越丰富的特征通常可以带来越精准的预测结果,因此可以由原始的氨基酸序列预测出蛋白质的2级结构,水溶性等,丰富特征提取时的特征。 SCRATCH作为UCI开发的一个套件包,提供了多种不同的蛋白质预测功能,这些预测器被打包成一个集成的套件安装包SCRATCH-1D (SCRATCH Suite of One-Dime...阅读全文>>

PSIPRED的安装和使用

Overview 在对氨基酸序列进行机器学习建模时,需要对氨基酸序列做特征提取,越丰富的特征通常可以带来越精准的预测结果,因此可以由原始的氨基酸序列预测出蛋白质的2级结构,水溶性等,丰富特征提取时的特征。 PSIPRED作为一个常用的蛋白质二级结构预测工具,常见于各种蛋白质序列的预测论文中,这里主要记录一下PSIPRED的安装和使用。 其实PSIPRED官方的README文档已经很清楚了...阅读全文>>