您正在查看: 2016年1月

python转换文件格式的一处bug

Overview 在转换fasta格式的文件为chen's format文件时,发现前人的程序有些bug,会将最后一条正样本的class标记为-1于是将程序改了一下,这下就没有问题了。 解决方案 fasta格式如下,第一行为头信息,第二行为氨基酸序列: >sp|Q2YIT7|VIRB3_BRUA2 Type IV secretion system protein virB3 OS=B...阅读全文>>

R中randomForest包与ggplot2的一个不兼容问题

Overview 在做实验的时候因为要用到随机森林,所以使用了R中的randomForest包,但在画图的时候报了一个非常诡异的错误。 1. 错误描述 下面是我引入randomForest包之后的代码,这里省略了一些细节,只保留跟错误有关的代码: ## randomforest library("randomForest") # randomfo...阅读全文>>

使用R语言ggplot2包画图时的一个不兼容问题

Overview 昨天写了个R语言脚本,主要是借助ROCR包画ROC曲线,只是最后画图时,没用ROCR提供的plot函数画ROC曲线,而是用ROCR处理了数据后,提取了画图的数据,用ggplot2包画了ROC曲线。因为ggplot2可以提供强大的自定义绘图功能,没想到也正是这个自定义样式函数,在移植的时候出现了一些兼容性问题。 1. 问题描述 我使用的ggplot2样式函数,是一个我已经用...阅读全文>>

R语言学习笔记(一)

写在前面的后记 昨晚写完这一篇的时候,Chris看了之后跟我讨论道:“R语言开篇讲述的基本数据类型为什么和C语言等编程语言不同?”后来得出结论:每种语言都有其最适用的领域,以R为例,它主要运用在统计学领域,处理大量数据,基本单位就是向量(vector),故将其他语言中的int类型视为最简单的一维向量,如c(5)。我后来验证了从矩阵中取出一个值,类型为vector。同样的道理,Perl语言...阅读全文>>

配置Hibernate解决MYSQL连接失效问题

Overview 之前将SecretEPDB部署到了云服务器上之后,再打开需要连接数据库的网页时总是会出现莫名其妙的错误,之前一直没管它,主要是因为这个错误不是每次都出现,出现之后刷新几次又可以访问了。 1. 错误描述 每次打开需要连接数据库的网页,就很有很大概率出现下面的错误信息: Struts Problem Report Struts has detected an unhandl...阅读全文>>