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Ubuntu 16.04安装(或从Tomcat 7更新到)Tomcat 8

Overview 由于我们服务器(Ubuntu 16.0)上的Tomcat 7太老了,想更新一个新版本的Tomcat 8。目前没找到在Ubuntu 16.0中自动安装Tomcat 8的办法,所以在这里记录一下手动安装过程。 如果服务器之前没有安装其他版本的Tomcat,可以直接跳到下面Tomcat 8安装部分。 1. 停用当前的Tomcat 以我们系统中的Tomcat 7为例,该Tomca...阅读全文>>

Python3连接PostgreSQL数据库

Overview 之前项目的人遗留的数据散落在多种数据库中,既有MySQL,MongoDB,也有Cassandra和PostgreSQL。在Python3版本的jupyter中连接PostgreSQL需要安装psycopg2,而psycopg2在Python2中则是已经集成好的。 1. 安装python3-psycopg2和libpq-dev 先在Linux上安装好这两个包, sudo a...阅读全文>>

Diffuser单一节点所需软件的安装

Overview Diffuser是一个基于分布式的生物序列特征生成网站,因此需要在每个单一节点安装所需的软件:ViennaRNA-2.4.8,VSL2,psipred和spineX。本文以deepamp节点为例,分别安装和配置以上4个软件。 1. 安装ViennaRNA-2.4.8 该软件用于预测RNA序列结构,安装步骤如下: wget https://www.tbi.univie.ac...阅读全文>>

php页面不能被解析成网页,而是直接显示了页面代码

Overview 之前安装过很多次的phpMyAdmin,但最近一次安装时,出现了一个之前从来没遇到的问题:访问phpMyAdmin时,主页的php页面会被不能被解析成网页,而是直接显示了页面代码。 问题描述 文字描述已经比较清楚了,就不截图了。如果想看截图,参考 phpmyadmin showing php script [duplicate]。 对比之前的安装流程,发现这次安装Apac...阅读全文>>

Python包管理软件pip更新后报错

Overview 今天在服务器(Ubuntu 16.04)使用pip安装深度学习包Keras的时候,发现安装结束之后下面有一行提示小字,大约就是pip有新版本可以更新,使用XXX命令更新,就顺带更新了一下,更新完了pip就不能用了... 问题描述 及时是查看下pip的版本 sudo pip --version 也会报下面的错误: Traceback (most recent call l...阅读全文>>

FastDFS分布式文件系统在服务器集群上的安装部署

Overview 到目前为止,我们手里已经有了10台服务器了。之前一直说要把这些服务器搭建一个分布式文件系统,现在条件终于成熟了。这些服务器预装的系统大多数是Ubuntu16.04LTS发行版的Linux,少部分是Ubuntu14.04LTS。这次我们选择5台服务器,1台feagen(118.138.241.39)服务器作为tracker,4台服务器(Bastion3(118.138.24...阅读全文>>

R脚本在Windows和Mac上的一点不兼容

Overview 今天在Mac上运行一个在Windows中处理过的R脚本,不能正常运行,错误信息指向明确。 问题描述 使用./H_gr500_tune.R运行,报下面的错误: env: Rscript\r: No such file or directory 打开这个脚本,头几行内容如下: #!/usr/bin/env Rscript library(e1071) library(ply...阅读全文>>

机器学习项目服务器上线部署全流程记录

Overview 我们团队完整的机器学习项目已经做了两个了,分别是Bastion4和Bastion6。之前两个项目上线部署的记录过于片段化,针对现在马上要做完的Bastion3项目,我们在此完整记录搭建服务器各种环境的全部流程,以备不时之需。 完整的项目基本分为三大部分:Java处理业务逻辑;Perl后台消息队列;R机器学习模型预测。每个大部分还有很多细节,我们会在每部分都详细记录。 新申...阅读全文>>

一个Strut2引发的网站安全漏洞

Overview 前几天忽然收到学校云服务器安全中心的邮件,说我们部署的几台服务器流量明显出现异常,可能是被攻击了,并提供了几个可能的问题。大致看了下,问题出在Strut2,这不是个特有的问题,而是涉及到多个版本的安全问题,所以在这里记录一下。 问题描述 Struts2存在远程代码执行的严重漏洞,目前Struts2官方已经确认漏洞(漏洞编号S2-045,CVE编号:cve-2017-56...阅读全文>>

ubuntu14.04安装gearman及perl扩展包

Overview Bastion4这个项目经过我们实验验证和安全考虑,决定舍弃kafka而转用gearman这个消息队列框架,具体分析将在后续文章中给出,这里只记录gearman相关的安装。 1.下载安装gearman 最新版的gearman是gearmand-1.1.12。我们执行下面几步,先将其下载到本地主文件夹,并解压缩。 sudo apt-get update wget https...阅读全文>>