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perl调用系统命令的3种方式

Overview 有很多时候,我们需要在perl脚本中调用系统命令,比如调用系统的某个软件做一件事。也可以说是在perl脚本中调用外部命令,比如在一个perl脚本中调用另一个perl脚本。 有很多种方式可以实现这个目的,这里我列出来3中常见的方式,并以一个例子说明这三种方式的不同之处。 1. 被调用的perl脚本 我们在一个perl脚本(取名为testSystemCall.pl)中调用另一...阅读全文>>

SCRATCH的预测结果格式

Overview 最近在预测蛋白质序列的二级结构,结构性区域,水溶性等特征时,使用了不同的软件,发现不同软件预测结果中对同一特征的表示方式略有不同,所以在这里一并总结。 1. SCRATCH中的输出格式 我们在 SCRATCH的安装和使用 介绍了SCRATCH的安装和使用,直接使用 ./run_SCRATCH-1D_predictors.sh input_fasta out_prefix...阅读全文>>

BioPerl(三):巧用BioPerl格式化fasta文件

Overview 在处理fasta格式序列的过程中,我们经常会发现得到的fasta格式并不是很标准,比如有一个fasta文件中有多条这样形式的序列: >gi|28898692|ref|NP_798297.1| hypothetical protein VP1918 [Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633]|1 MKKTTLMSAVVATLSLVGC...阅读全文>>

BioPerl(二):使用BioPerl读取fasta文件

Overview 在 BioPerl(一):安装BioPerl 中我们不只安装了BioPerl,还给出了一个使用BioPerl的手动构造了一个Bio::Seq对象的例子,这个对象中包含了我们手动填入的fasta格式的信息。既然可以手动构造,那么也就可以从fasta文件中读取序列信息,由BioPerl自动填充成Bio::Seq对象。 1. 使用BioPerl读取单条fasta序列 我们有一个...阅读全文>>

BioPerl(一):安装BioPerl

Overview 今天闲暇之余,看到了一篇关于BioPerl的博客 初品BioPerl(第三篇:从本地文件中获取fasta序列),发现BioPerl可以让很多事变得简单,fasta格式处理起来也事半功倍。 其实宋老师之前已经跟我提过BioPerl了,只不过我一直以任务为导向,觉得perl脚本就够处理,所以一直也没去了解。好东西自然马上就要用起来,我也马上装上了BioPerl,这里记录下来B...阅读全文>>

部署PhosphoPrediction

Overview 因为投稿论文的需要,我们要把PhosphoPrediction部署到Monash的云服务器(Ubuntu 14.04.3 LTS (GNU/Linux 3.13.0-74-generic x86_64))上,在宋老师申请了云服务器之后,Jerico帮忙搭建好了云服务器,帮我们装好了JDK1.8,并给了我访问权限,在部署的过程中遇到了一些问题,在这里记录一下。 1. ssh...阅读全文>>

Hibernate总结

Overview 这里只是总结一下secretepdb这个项目用到的Hibernate的特性,Hibernate本身细节极其多,不太可能全部记得下来,也没有必要去记,用到的时候去查就可以了,而且Hibernate的设计也都是很符合常理的,所以用正常的思维去想,一般都能理得顺。 1. 初识Hibernate 阅读全文>>

Javamail应用

Overview 本文主要参考了javamail发送邮件的简单实例这篇文章。 最近和Chris在做secretepdb这个项目时,用到了发送邮件这一功能(需要用到mail.jar这个包)。经过Chris指点和自己查阅资料,还是比较顺利地完成了这一模块,特此记录一下。 该模块包含3部分:发送器(SimpleMailSender),验证器(MyAuthenticator)和action。其中发...阅读全文>>

Struts集成Ajax实现异步通讯

Overview secretepdb这个项目需要展现一些统计图表,我们使用了google的gchart,图表的数据源从数据库异步获取。这里就用到了Struts2和Jquery Ajax的集成。本身都是很规范的东西,应该不会出什么问题,但是特定条件下里面有个坑,在这里梳理一遍。 既然是Struts2跟Ajax集成,肯定也会用到Struts2本身的一些东西,可以先看看我之前写的:Struts...阅读全文>>

Struts2总结

Overview 最近我跟Young在开发secretepdb这个项目时,遇到了很多跟Struts2和Hibernate相关的问题,在这里记录Struts2的相关信息和问题。其实Young在 PhosphoPrediction项目总结 已经总结了Struts2的很多东西,再写一篇是想把所有相关的写在一起,方便参考。 1. Struts2的配置 先去 Struts2官网 上下载一个完整的包,...阅读全文>>