Overview

最近把系统更新到了最新版本(10.12.3)，又安装了一个新的语言Julia，再使用R的时候，发现命令行已经不能通过R命令进入了，连*.R文件都不再能被R语言关联了。具体原因未知，于是先下了一个最新的R-3.3.3，顺带删了Julia，所有的library都要重新安装，结果安装好xlsx后导入的时候报了错。
各种解决方法都尝试了，还是不行。考虑到可能是R的版本太新了，就把R-3.3.3卸载了，重新装了一个R-3.2.3版本，依然存在同样的问题，又过了一遍解决方法，解决了。

问题描述

> library("xlsx")
载入需要的程辑包：xlsxjars
JavaVM: requested Java version ((null)) not available. Using Java at "" instead.
JavaVM: Failed to load JVM: /bundle/Libraries/libserver.dylib
JavaVM FATAL: Failed to load the jvm library.
Error : loadNamespace()里算'xlsx'时.onLoad失败了，详细内容：
  调用: .jinit()
  错误: JNI_GetCreatedJavaVMs returned -1

错误: ‘xlsx’程辑包或名字空间载入失败，

实际上，载入xlsx需要载入rJava和xlsxjars两个包，单独载入rJava和xlsxjars时都不会报错，只有载入xlsx时才会报错。

配置环境

用下面的命令查看自己的配置环境：

  • 操作系统版本：

    > sw_vers
ProductName:    Mac OS X
ProductVersion: 10.12.3
BuildVersion:   16D32

  • Java版本：

    > java -version
java version "1.8.0_25"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_25-b17)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.25-b02, mixed mode)

  • Java路径：

    > which java
 /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk/Contents/Home/bin/java

  • JAVA HOME：

    > /usr/libexec/java_home
/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk/Contents/Home

  • R 版本：

    >R --version
R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)

  • R 配置情况：

    >sudo R CMD javareconf
Java interpreter : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk/Contents/Home/bin/java
Java version     : 1.8.0_25
Java home path   : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk/Contents/Home/jre
Java compiler    : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk/Contents/Home/bin/javac
Java headers gen.: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk/Contents/Home/bin/javah
Java archive tool: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk/Contents/Home/bin/jar
Non-system Java on OS X

trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/darwin
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk/Contents/Home/jre/../include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk/Contents/Home/jre/../include/darwin -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c conftest.c -o conftest.o
clang -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/lib -o conftest.so conftest.o -L/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk/Contents/Home/jre/lib/server -ljvm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation


JAVA_HOME        : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk/Contents/Home/jre
Java library path: $(JAVA_HOME)/lib/server
JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/darwin
JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
Updating Java configuration in /Library/Frameworks/R.framework/Resources
Done.

    这个命令最好要用sudo执行，否则可能会在配置的过程中出现权限问题，报下面的错误：

    Java interpreter :     /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk/Contents/Home/jre/bin/java
Java version     : 1.8.0_25
Java home path   :     /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk/Contents/Home
Java compiler    :     /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk/Contents/Home/bin/javac
Java headers gen.:     /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk/Contents/Home/bin/javah
Java archive tool:     /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk/Contents/Home/bin/jar
System Java on OS X

trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags    : -    I/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Headers
detected JNI linker flags : -framework JavaVM
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Headers -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -c conftest.c -o conftest.o
conftest.c:1:10: fatal error: 'jni.h' file not found
#include <jni.h>
     ^
1 error generated.
make: *** [conftest.o] Error 1
Unable to compile a JNI program

解决方法

报错信息其实很明显，就是找不到jvm的位置。我花了很久的时间重新配置了JAVA_HOME，依然不行，最后发现是因为rJava包的安装问题。

  • 在linux shell命令行，执行下面的命令（其实刚才检查的时候已经执行过了）： 
    sudo R CMD javareconf
  • 打开R命令行（最好在sudo下打开），用下面的命令重新安装rJava包： 
    install.packages("rJava",type='source')

重新载入rJava包，就可以了。

一点小问题

之前的问题是解决了，但是会有点后遗症：以后无论是在启用R命令行或者运行R语言脚本的时候，如果要导入rJava包，都需要使用sudo命令，否则就会报下面的错误：

Error : loadNamespace()里算'rJava'时.onLoad失败了，详细内容：
  调用: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  错误: 无法载入共享目标对象‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so’：:
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found
错误: ‘rJava’程辑包或名字空间载入失败，

因为没有sudo权限，没办法访问/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so。暂时没有更好的解决方案，找到之后再加上。

参考网址