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蛋白质序列特征提取方法之——CKSAAP

作者：Young | 时间：October 6, 2015 | 分类：生物信息 | 评论：4 评论

Overview 在CKSAAP(Compositon of k-spaced Amino Acid Pairs)方法中，利用在蛋白质序列片断中k个间隔距离的残基对(residue pairs)在该序列中的组成比例，建立数学模型，提取出特征向量，从而达到预测泛素(Ubiquitin)的目的。残基(residue)和泛素(Ubiquitin)信息详见维基百科：残基和泛素，这里就不赘述了。 ...阅读全文>>

生物化学基础知识简介

作者：Young | 时间：October 4, 2015 | 分类：生物化学 | 评论：4 评论

蛋白质序列处理过程中需要用到部分生物化学的知识，经过Chris的点拨和自己的查阅，现将这些基础知识记录下来。阅读全文>>

DISOPRED的安装和使用

作者：Chris | 时间：September 25, 2015 | 分类：生物信息 | 评论：4 评论

Overview DISOPRED是一个蛋白质内部非结构区域的预测软件，使用DISOPRED，我们可以很方便地得到一个蛋白质序列的非结构区域信息，能够为蛋白质特征分析提供更多的信息。 1.DISOPRED的下载去http://bioinfadmin.cs.ucl.ac.uk/downloads/DISOPRED/这里就可以下载各个版本的DISOPRED，这里我们下载最新版本的DISOPR...阅读全文>>

蛋白质序列处理—总体步骤

作者：Young | 时间：September 22, 2015 | 分类：生物信息 | 评论：2 评论

蛋白质序列处理程序之前得到的数据源太乱，这些天整理并重新摆放了一下，每一步的输入文件夹后缀都有一个-in，处理程序文件夹后缀为-run，输出文件夹后缀为-out，这样条理清晰了很多，今日记录，以方便日后查阅使用。数据处理部分共分5步：下载并分类(set class) 多步CD-hit 正负样本1:1平衡(Dataset balance) 特征计算(feature calculation...阅读全文>>

蛋白质序列特征向量计算—数据处理第(4)步

作者：Young | 时间：September 22, 2015 | 分类：生物信息 | 评论：0 评论

该步骤为数据处理的第(4)步，共包含6小步。其中前三步： 1. AAC,Amino acid composition(AminoAcidC.py) 2. SEQ,Sequence(Seq.py) 3. eft3,amino acids combination properties(involving kmp algorithm)(Eft3.py) 这前三步用到feature_calc.s...阅读全文>>

BLAST的一些坑

作者：Chris | 时间：September 21, 2015 | 分类：生物信息 | 评论：0 评论

Overview 因为在使用PSIPRED和SCRATCH都使用到了BLAST，安装和使用的过程中遇到了一些问题，这里主要记录下BLAST安装和使用过程中遇到的一些问题，并没有详细记录完整的BLAST安装和使用说明，毕竟还没有直接使用BLAST，等用到的时候再详细记录。 BLAST，全称Basic Local Alignment Search Tool，即“基于局部比对算法的搜索工具”，...阅读全文>>

SCRATCH的安装和使用

作者：Chris | 时间：September 17, 2015 | 分类：生物信息 | 评论：1 评论

Overview 在对氨基酸序列进行机器学习建模时，需要对氨基酸序列做特征提取，越丰富的特征通常可以带来越精准的预测结果，因此可以由原始的氨基酸序列预测出蛋白质的2级结构，水溶性等，丰富特征提取时的特征。 SCRATCH作为UCI开发的一个套件包，提供了多种不同的蛋白质预测功能，这些预测器被打包成一个集成的套件安装包SCRATCH-1D (SCRATCH Suite of One-Dime...阅读全文>>

PSIPRED的安装和使用

作者：Chris | 时间：September 17, 2015 | 分类：生物信息 | 评论：4 评论

Overview 在对氨基酸序列进行机器学习建模时，需要对氨基酸序列做特征提取，越丰富的特征通常可以带来越精准的预测结果，因此可以由原始的氨基酸序列预测出蛋白质的2级结构，水溶性等，丰富特征提取时的特征。 PSIPRED作为一个常用的蛋白质二级结构预测工具，常见于各种蛋白质序列的预测论文中，这里主要记录一下PSIPRED的安装和使用。其实PSIPRED官方的README文档已经很清楚了...阅读全文>>

Java程序调用Shell命令及脚本文件

作者：Young | 时间：August 28, 2015 | 分类：后台开发 | 评论：0 评论

Overview 最近需要用到数个Python程序处理蛋白质序列以输出特征值，而这些Python文件需要在Shell脚本中传入文本文件（该文本文件记录了某些蛋白质序列）做参数，进而依次被Shell调用。我们在Java程序中建立Shell脚本的运行时环境Runtime，这其中用到了一个类，即java.lang.Runtime，下面对该类进行探讨和记录。 1.直接运行Shell命令 java....阅读全文>>