Overview secretepdb这个项目需要展现一些统计图表，我们使用了google的gchart，图表的数据源从数据库异步获取。这里就用到了Struts2和Jquery Ajax的集成。本身都是很规范的东西，应该不会出什么问题，但是特定条件下里面有个坑，在这里梳理一遍。 既然是Struts2跟Ajax集成，肯定也会用到Struts2本身的一些东西，可以先看看我之前写的：Struts...阅读全文>>

Overview 最近我跟Young在开发secretepdb这个项目时，遇到了很多跟Struts2和Hibernate相关的问题，在这里记录Struts2的相关信息和问题。其实Young在 PhosphoPrediction项目总结 已经总结了Struts2的很多东西，再写一篇是想把所有相关的写在一起，方便参考。 1. Struts2的配置 先去 Struts2官网 上下载一个完整的包，...阅读全文>>

Overview 今天跟Young在做secretepdb这个项目时，需要使用Hibernate连接数据库，为了方便一起开发，就直接连接了我们在阿里云服务器上的MySQL，遇到了一些问题，有些是本地数据库和远程数据库的共性问题，有些则是连接远程数据库才会遇到的问题，在这里记录，以便共享和以后查阅。 1. MySQL安装 在Ubuntu上，使用如下命令安装： sudo apt-get ins...阅读全文>>

Overview 之前跟Young一起做上一个项目时，遇到和解决了很多小的但是又很常见的编程问题，做完项目想总结一下的时候又发现这是一系列问题，没有太多明确的界限，又好像存在于编程的每一个细节中，我觉得应该统称为编程的基础。 一直说要写，可总觉得无从下笔。现在下决心尝试一下，想到哪里就写到哪里吧~ 1. 计算机的结构 现在的计算机依然采用的是冯·诺依曼提出的计算机体系结构。计算机由控制器、...阅读全文>>

Overview PhosphoPrediction这个项目是我们两个开发的第一个项目，整体进度比较快，但是因为是第一次，很多小细节花了不少的时间，当然，每一次细节的修改都有新知识的补充。 这里我主要记录下前端的一些知识点以备后面项目使用。 1. 长字符串自动换行的问题 在结果页面中，我们不只在页面上显示了预测结果，还将原始序列，Native Disorder等信息显示在了页面，由于这些序...阅读全文>>

Overview 最近在为我们的一篇论文做Online Server，我们使用了Java的Struts框架搭建了Server，并且部署到了Tomcat上，这也带来了一个问题。服务器上本来已经有了Apache，并且占用了80端口，加上Tomcat之后使用域名必须加上Tomcat的端口号访问，使用起来很不方便，Online Server的网址看起来也很奇怪。 整合Apache和Tomcat有好...阅读全文>>

Overview 最近看了几种生物信息学领域的特征提取算法，在观察了已有算法的特点之后，也想尝试着设计新的算法。这里以CKSAAP为基础，介绍一下我们想设计的算法的动机和原理。 CKSAAP的核心原理 关于CKSAAP的算法介绍详细部分可以参考Young写的 蛋白质序列特征提取方法之——CKSAAP。 CKSAAP试图统计刻画出每条序列中不同的氨基酸对出现的特征，它的核心原理可以用下面这个公...阅读全文>>

Overview 这篇文章是我很久之前移植NDNSIM1.0时的笔记，最早想从台式机的Ubuntu 12.04上移植到别的机器的Ubuntu上，都会出现各种编译问题，一直没能成功，之后想在Mac上做实验，所以下决心把台式机中的NDNSIM 1.0的源代码移植到Mac上，主要遇到了以下问题，做了一下记录，以备以后查看。这个移植应该不只是移植到Mac上的方法，而是适用所有Ubuntu系统的。 ...阅读全文>>

Overview 最近在阅读博客中的文章时发现一个奇怪的现象，就是有评论的文章加载速度特别慢，代码块的颜色渲染也要等很久才能显示出来。这让我很困惑，因为我将代码块高亮渲染的代码也放在了本地。最初我以为是代码块中的代码太多，导致渲染时间久。后来发现只有有评论的文章才会出现这种情况，使用了Chrome发现，有评论的页面会出现http://www.gravatar.com/avatar/####...阅读全文>>

Overview 由于在写笔记的时候会用到公式，因此使用了一个插件MathJax，可以很漂亮显示公式，但是发现用了这个插件之后，有公式显示的页面加载特别慢，使用Chrome查看了链接请求，发现了问题所在：这个插件会请求 cdn.mathjax.com 上的js代码，而 cdn.mathjax.com 的服务器非常不稳定，因此经常需要等待很久，网页才能正常显示。 好在因为Chrome会缓存j...阅读全文>>