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php页面不能被解析成网页,而是直接显示了页面代码

Overview 之前安装过很多次的phpMyAdmin,但最近一次安装时,出现了一个之前从来没遇到的问题:访问phpMyAdmin时,主页的php页面会被不能被解析成网页,而是直接显示了页面代码。 问题描述 文字描述已经比较清楚了,就不截图了。如果想看截图,参考 phpmyadmin showing php script [duplicate]。 对比之前的安装流程,发现这次安装Apac...阅读全文>>

在Ubuntu 16.04的R语言环境中通过安装KerasR包使用Keras深度学习框架

Overview 因为想尝试一些深度学习模型,就用Keras开始建模(为什么使用Keras?)。而且由于之前使用的极其模型都是基于R语言的,所以我们依然尝试使用R语言版本的Keras来训练深度学习模型。 Keras的R语言接口 Keras本身就是一个基于Tensorflow、Theano以及CNTK编写的纯Python框架,因为方便易用,所以使用广泛,为了让R语言开发者也能在R中使用Ke...阅读全文>>

Python包管理软件pip更新后报错

Overview 今天在服务器(Ubuntu 16.04)使用pip安装深度学习包Keras的时候,发现安装结束之后下面有一行提示小字,大约就是pip有新版本可以更新,使用XXX命令更新,就顺带更新了一下,更新完了pip就不能用了... 问题描述 及时是查看下pip的版本 sudo pip --version 也会报下面的错误: Traceback (most recent call l...阅读全文>>

R脚本在Windows和Mac上的一点不兼容

Overview 今天在Mac上运行一个在Windows中处理过的R脚本,不能正常运行,错误信息指向明确。 问题描述 使用./H_gr500_tune.R运行,报下面的错误: env: Rscript\r: No such file or directory 打开这个脚本,头几行内容如下: #!/usr/bin/env Rscript library(e1071) library(ply...阅读全文>>

一个R语言版本跟caret包不兼容的问题

Overview 最近在一台新的电脑上运行一个R脚本时,报了一个很奇怪的错误。因为类似的脚本已经运行了很多次,所以很快就可以确定是电脑的R环境不兼容引起的问题。 问题描述 脚本在运行时需要载入caret包,结果载入过程中报下面的错误: Loading required package: gplots Attaching package: ‘gplots’ The following o...阅读全文>>

一个Strut2引发的网站安全漏洞

Overview 前几天忽然收到学校云服务器安全中心的邮件,说我们部署的几台服务器流量明显出现异常,可能是被攻击了,并提供了几个可能的问题。大致看了下,问题出在Strut2,这不是个特有的问题,而是涉及到多个版本的安全问题,所以在这里记录一下。 问题描述 Struts2存在远程代码执行的严重漏洞,目前Struts2官方已经确认漏洞(漏洞编号S2-045,CVE编号:cve-2017-56...阅读全文>>

Mac下R语言导入xlsx包报错的解决方案

Overview 最近把系统更新到了最新版本(10.12.3),又安装了一个新的语言Julia,再使用R的时候,发现命令行已经不能通过R命令进入了,连*.R文件都不再能被R语言关联了。具体原因未知,于是先下了一个最新的R-3.3.3,顺带删了Julia,所有的library都要重新安装,结果安装好xlsx后导入的时候报了错。 各种解决方法都尝试了,还是不行。考虑到可能是R的版本太新了,就把...阅读全文>>

配置Apache2服务器以CGI方式运行Perl程序

Overview 这次我们开发Bastion4服务器使用了JAVA+Perl的架构,后端用Perl做服务器提供Webservice,用JAVA框架Struts接收处理用户请求,再跟Perl服务器交互。 我们使用Apache2作为Perl服务器,由于Apache2默认并不支持Perl,因此需要简单配置一下,使得Apache2以CGI的方式支持Perl运行。在配置的过程中,参考了一些网页,但由...阅读全文>>

Ubuntu 14.04 安装R和R packages

Overview 虽然已经用了很久的R语言,但一直没整理过,正好需要在我们的云服务器上安装R,所以一并记录下来了。下面的过程虽然是在Ubuntu 14.04上安装的,但是对于其他版本的系统,R和R packages的安装都大同小异。 1. 安装R 1.1 添加源 Ubuntu 14.04中的R版本比较旧,默认安装可能会出很多问题(我试过了)。所以最好添加一个新的源。 在etc/apt/so...阅读全文>>

生物信息中常用的Linux命令

Overview 一直想把常用的命令搜集起来,以便平时用到的时候查阅,可惜一直没抽出来时间专门整理下。最近在做序列的特征提取和多个特征文件合并时,频繁使用到了一些命令,干脆一并整理到这里,以后边用边添加整理新的命令。 这里的linux命令主要在MAC 10.9.5和Ubuntu 14.04下测试,涉及到平台差异性的时候,会尽量指出来,没有区分的话就表示两种平台下都可以使用。如果仍有没涉及到...阅读全文>>